- 辦公廳（對臺灣農業事務辦公室）
- 人事司
- 法規司
- 政策與改革司
- 發展規劃司
- 計劃財務司
- 鄉村產業發展司
- 農村社會事業促進司
- 農村合作經濟指導司
- 市場與信息化司
- 國際合作司
- 科技教育司（農業轉基因生物安全管理辦公室）
- 農產品質量安全監管司
- 種植業管理司（農藥管理司）
- 畜牧獸醫局
- 漁業漁政管理局
- 農墾局
- 種業管理司
- 農業機械化管理司
- 農田建設管理司
- 機關黨委
- 離退休干部局
- 長江流域漁政監督管理辦公室
- 農業農村部機關服務中心( 農業農村部機關服務局 )
- 中國農業科學院
- 中國水產科學研究院
- 中國熱帶農業科學院
- 全國農業展覽館（中國農業博物館）
- 中國農業電影電視中心
- 農民日報社
- 中國農業出版社有限公司（農村讀物出版社）
- 中國農村雜志社
- 全國鄉村振興宣傳教育中心
- 中央農業干部教育培訓中心（農業農村部管理干部學院、中國共產黨農業農村部黨校）
- 農業農村部人力資源開發中心、中國農學會
- 農業農村部農村經濟研究中心
- 農業農村部信息中心
- 農業農村部農產品質量安全中心
- 中國綠色食品發展中心
- 農業農村部規劃設計研究院
- 中國鄉村振興發展中心
- 農業農村部大數據發展中心
- 農業農村部工程建設服務中心
- 農業農村部財會服務中心、中華農業科教基金會
- 農業農村部對外經濟合作中心（中國-歐洲聯盟農業技術中心）
- 農業農村部農業貿易促進中心(中國國際貿易促進委員會農業行業分會、中國國際商會農業行業商會)
- 中國國際減貧中心
- 農業農村部國際交流服務中心
- 中央農業廣播電視學校(農業農村部農民科技教育培訓中心)、中國農民體育協會
- 農業農村部科技發展中心
- 農業農村部農業生態與資源保護總站
- 中國農村技術開發中心
- 全國農業技術推廣服務中心
- 農業農村部農藥檢定所（國際食品法典農藥殘留委員會秘書處）
- 農業農村部耕地質量監測保護中心
- 農業農村部農業機械化總站
- 全國畜牧總站
- 中國動物疫病預防控制中心（農業農村部屠宰技術中心）
- 中國獸醫藥品監察所（農業農村部獸藥評審中心）
- 中國動物衛生與流行病學中心
- 中國農墾經濟發展中心（農業農村部南亞熱帶作物中心）
- 農業農村部農村社會事業發展中心（農業農村部鄉鎮企業發展中心）
- 農業農村部鄉村振興監測中心
- 全國水產技術推廣總站、中國水產學會
- 農業農村部漁政保障中心
- 外交部
- 國防部
- 國家發展和改革委員會
- 教育部
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- 應急管理部
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- 新疆兵團農業農村局
