- 辦公廳（對臺灣農業(yè)事務辦公室）
- 人事司（黨組巡視工作領導小組辦公室）
- 法規(guī)司
- 政策與改革司
- 發(fā)展規(guī)劃司
- 計劃財務司
- 種植業(yè)管理司（農藥管理司）
- 畜牧獸醫(yī)局
- 漁業(yè)漁政管理局
- 鄉(xiāng)村產業(yè)發(fā)展司（農產品加工指導司）
- 鄉(xiāng)村建設促進司
- 農村社會事業(yè)促進司
- 農村合作經濟指導司
- 幫扶司
- 區(qū)域協(xié)作促進司（革命老區(qū)工作辦公室）
- 監(jiān)督檢查司
- 市場與信息化司
- 國際合作司
- 科學技術司（農業(yè)轉基因生物安全管理辦公室）
- 農產品質量安全監(jiān)管司
- 農墾局
- 種業(yè)管理司
- 農業(yè)機械化管理司
- 農田建設管理司
- 機關黨委
- 離退休干部局
- 長江流域漁政監(jiān)督管理辦公室
- 農業(yè)農村部機關服務中心( 農業(yè)農村部機關服務局 )
- 中國農業(yè)科學院
- 中國水產科學研究院
- 中國熱帶農業(yè)科學院
- 全國農業(yè)展覽館（中國農業(yè)博物館）
- 中國農業(yè)電影電視中心
- 農民日報社
- 中國農業(yè)出版社有限公司（農村讀物出版社）
- 中國農村雜志社
- 全國鄉(xiāng)村振興宣傳教育中心
- 中央農業(yè)干部教育培訓中心（農業(yè)農村部管理干部學院、中國共產黨農業(yè)農村部黨校）
- 農業(yè)農村部人力資源開發(fā)中心、中國農學會
- 農業(yè)農村部農村經濟研究中心
- 農業(yè)農村部信息中心
- 農業(yè)農村部農產品質量安全中心
- 中國綠色食品發(fā)展中心
- 農業(yè)農村部規(guī)劃設計研究院
- 中國鄉(xiāng)村振興發(fā)展中心
- 農業(yè)農村部大數(shù)據(jù)發(fā)展中心
- 農業(yè)農村部工程建設服務中心
- 農業(yè)農村部財會服務中心、中華農業(yè)科教基金會
- 農業(yè)農村部對外經濟合作中心（中國-歐洲聯(lián)盟農業(yè)技術中心）
- 農業(yè)農村部農業(yè)貿易促進中心(中國國際貿易促進委員會農業(yè)行業(yè)分會、中國國際商會農業(yè)行業(yè)商會)
- 中國國際減貧中心
- 農業(yè)農村部國際交流服務中心
- 中央農業(yè)廣播電視學校(農業(yè)農村部農民科技教育培訓中心)、中國農民體育協(xié)會
- 農業(yè)農村部科技發(fā)展中心
- 農業(yè)農村部農業(yè)生態(tài)與資源保護總站
- 中國農村技術開發(fā)中心
- 全國農業(yè)技術推廣服務中心
- 農業(yè)農村部農藥檢定所（國際食品法典農藥殘留委員會秘書處）
- 農業(yè)農村部耕地質量監(jiān)測保護中心
- 農業(yè)農村部農業(yè)機械化總站
- 全國畜牧總站
- 中國動物疫病預防控制中心（農業(yè)農村部屠宰技術中心）
- 中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所（農業(yè)農村部獸藥評審中心）
- 中國動物衛(wèi)生與流行病學中心
- 中國農墾經濟發(fā)展中心（農業(yè)農村部南亞熱帶作物中心）
- 農業(yè)農村部農村社會事業(yè)發(fā)展中心（農業(yè)農村部鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)發(fā)展中心）
- 農業(yè)農村部鄉(xiāng)村振興監(jiān)測中心
- 全國水產技術推廣總站、中國水產學會
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